SMA Plus Muthahhari merupakan lembaga pendidikan yang dibentuk dari perubahan pesantren mahasiswa. Pesantren tersebut didirikan pada tahun 1991 dan berubah menjadi SMA pada tahun 1992 dengan status terdaftar. SK/Izin pendirian sekolah dari Kanwil Depdiknas dengan No. 857/I02/Kep/E/1994 tanggal 11 Januari 1994. Tahun 1996 mendapat status disamakan dari Dirjen Dikdasmen Depdikbud dengan nomor SK: 37/C/Kep/MN/1996 tanggal 26 Maret 1996. tahun 1998 diangkat sebagai sekolah model oleh World Bank, Depdiknas dan Depag.