Kurikulum ini bisa dikatakan sebagai kurikulum khas karena dibuat untuk membuat kekhususan dalam sebuah system pendidikan yang dapat membedakan SMA Plus Muthahhari dengan SMA lainnya
Kurikulum ini adalah Kurikulum kegiatan belajar mengajar yang disusun oleh Yayasan dan SMA Plus Muthahhari.Diberikan dalam bentuk paket-paket.
Ada 6 Paket KBM yang harus diikuti oleh semua murid SMA Plus Muthahhari.
Paket-Paket itu adalah:
- Paket Indoor: Basic Islam, Ulumul Quran, UlumulHadits, Ushul Fiqh, Fiqh Muqarran, Tarikh Islam)
- Paket outdoor (Spiritual Camp, Spiritual Work Camp dan Sahur Bersama KaumDhuafa, Kunjungan Kerohaniaan)
Paket-paket ini terdiri atas dasar-dasar Islam dan ilmu-ilmu Islam, dengan keterangan singkatnya:
- Basic Islam/ dasar-dasar Islam, membahas tentang tata cara ibadah ritual.Ulum al-Qur’an, membahas pengantar Ulum al-Qur’an.
- Ulum al-Hadits, membahas pengantar Ulum al-Hadits
- Ushul al_fiqh, membahas pengantar Ushul al-Fiqh termasuk sejarah perkembangannya
- Fiqih Muqaran, membahas pengantar Fiqih Muqaran atau Fiqih Perbandungan
Selain Khurikulim Khas dalam bidang agama ada juga kurikulum khas yang lain, diantaranya:
- Program Bahasa Inggris Khas. Program ini diberikan untuk lebih meningkatkan kemampuan murid dalam bahasa Inggris, khususnya dalam speaking, writing, listening. Beberapa tahun ke belakang program ini diajarkan langsung oleh Native Speaker.
- Program Komputer. Program ini diberikan secara reguler kepada seluruh murid, dan bagi murid yang telah memiliki kemampuan yang cukup tinggi dalam komputer diberikan program komputer pengembangan. Program ini diberikan dengan target yunior programer dan mengakses internet.