SMA Plus Muthahhari merupakan lembaga pendidikan yang dibentuk dari perubahan pesantren mahasiswa. Pesantren tersebut didirikan pada tahun 1991 dan berubah menjadi SMA pada tahun 1992 dengan status terdaftar. SK/Izin pendirian sekolah dari Kanwil Depdiknas dengan No. 857/I02/Kep/E/1994 tanggal 11 Januari 1994. Tahun 1996 mendapat status disamakan dari Dirjen Dikdasmen Depdikbud dengan nomor SK: 37/C/Kep/MN/1996 tanggal 26 Maret 1996. tahun 1998 diangkat sebagai sekolah model oleh World Bank, depdiknas dan Depag.
SMA Plus Muthahhari pada tahun 2002 dijadikan salah satu sekolah uji coba pelaksanaan KBK (Kurikulum Berbasis Kompetensi) dari 40 SMA se_Indonesia dan salah satu sekolah uji coba pelaksanaan PBK (pendidikan Berwawasan Khusus: Kepribadian dan Budi Pekerti) dari delapan sekolah yang ditunjuk Depdiknas Pusat.
Pada tahun 2005 dipercaya untuk melaksanakan pendidikan berbasis TIK dan tahun 2006 mendapat nilai akreditasi A.
SMA Plus Muthahhari memakai istilah plus, karena disampaing kurikulum umum (kurikulum Depdiknas), ditambah dengan sejumlah mata pelajaran yang disusun oleh yayasan secara khusus dan beberapa pola pembinaan untuk mengembangkan akhlak.
Tujuan kami mendirikan sekolah ini adalah untuk mencetak anak-anak yang cerdas, kreatif dan berakhlak mulia.
Mengawali tahun 2010 yaitu pada bulan Februari, SMA Plus Muthahhari mendapat kepercayaan dari Pusat Kurikulum Kementrian Pendidikan Nasional untuk melaksanakan workshop Kurikulum Kewirausahaan. Workshop ini dilaksanakan sebagai persiapan akan diberlakukannya Kurikulum Kewirausahaan, yang pelaksanaannya terintegrasi di dalam Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan. Worksop Kewirausahaan ini berlangsung sampai bulan September 2010.
Pada awal tahun 2010 juga, SMA Plus Muthahhari juga ditunjuk oleh Direktorat PSMAK sebagai Sekolah yang sudah melaksanakan Pendidikan Budaya dan Karakter Bangsa. SMA Plus Muthahari dinilai sudah berhasil dalam mendidik murid yang mempunyai karakter dan budaya bangsa Indonesia.
Pada bulan Mei 2010, SMA Plus Muthahhari kembali mendapat kepercayaan dari Direktorat PSMAK Kementrian Pendidikan Nasional untuk menjadi Sekolah Model SKM-PBKL-PSB (SKM /Sekolah Kategori Mandiri, PBKL / Pendidikan Berbasis Keunggulan Lokal, PSB/Pusat Sumber Belajar).
Implikasi dari penunjukkan sebagai sekolah model ini, pada pelajaran 2010 – 2011 SMA Plus Muthahhari dituntut untuk lebih meningkatkan lagi kualitas pembelajaran, khususnya untuk menjamin mutu pendidikan nasional dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa dan membentuk watak serta peradaban bangsa yang bermartabat.
Melalui potensi dan karakteristik yang dimiliki oleh SMA Plus Muthahhari seperti tercantum di bawah ini, SMA Plus Muthahhari mempunyai keyakinan bahwa civitas academika SMA Plus Muthahhari mampu mencapai mutu pendidikan sesuai Standar Nasional Pendidikan.